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El problema que veo yo es el trazado, porque estas sumistrando agua desde un estanque en un cerro a otro cerro, pero te estas quedando corto de presión al final, podrías hacer algo de lo siguiente:
-Agregar presión al sistema con una bomba, si es necesario aquí se agrega una válvula de control al final, que regule el flujo y la presión remanente.

-Subir el estanque.

-Agrandar el diámetro de las cañerías.
Si en un momento te queda una presión negativa, significa que el fluido se estrangulo y por lo tanto no va a haber movimiento y no va a salir fluido al otro extremo de la cañería,
Saludos!